I., będąca oficjalnie krajem muzułmańskim, stanowi w rzeczywistości kraj wielu religii i ich synkretycznych odmian: islamu integrystycznego (Aceh w pn. części Sumatry), islamu ?państwowego? (Jawa), hinduizmu i buddyzmu (Bali, Lombok), chrześcijaństwa (Flores, Timor, środk. Sumatra) oraz wielorakich form animizmu (np. Kubu na Sumatrze), a także wierzeń synkretycznych łączących elementy kultu przodków i katolicyzmu (Sumba i Celebes), animizmu i protestantyzmu (Irian Jaya) czy hinduizmu i islamu (kult wektu telu na wyspie Lombok). To przemieszanie kultów wynika ze specyfiki dziejów tego regionu, w których kolejne grupy panujących przynosiły ze sobą nowe wierzenia, a te nawarstwiały się na poprzednie. Pierwszą cywilizację, a wraz z nią hinduizm i buddyzm, wprowadzili w VIII?X w. na Jawie kupcy, bramini i mnisi buddyjscy przybyli z Indii. Inskrypcja z 732 sygnalizuje istnienie króla Sandżaja (732?760), założyciela hinduistycznego królestwa Mataram w centrum Jawy.