Analiza porownawcza

W wielu przypadkach znajomość sekwencji daje wystarczające przesłanki do zrozumienia funkcji genu, dzięki zastosowaniu opisanych w poprzedniej części metod analizy porównawczej. Sekwencje ortologiczne z reguły zachowują bowiem swą funkcję, przynajmniej w obrębie stosunkowo blisko spokrewnionych grup taksonomicznych. Pewną przesłankę do określenia funkcji stanowi też występowanie w sekwencji określonych motywów, charakterystycznych dla danej grupy białek. Na przykład, odnalezienie w sekwencji nieznanego genu motywów charakterystycznych dla kinaz białkowych pozwala przypuszczać, że białko kodowane przez ten gen również jest kinazą, uczestniczącą prawdopodobnie w procesach regulacyjnych i przekazywaniu sygnału. Obecność takiego motywu nie da jednak odpowiedzi na pytania dotyczące tego, jakie białka są substratem nowej, hipotetycznej kinazy i w jakich procesach komórkowych ona uczestniczy. Tu konieczne są typowe analizy eksperymentalne, ich ogólny kierunek zostanie już jednak nakreślony przez analizę sekwencji.